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RNA免疫共沉淀测序
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  • 个性化生物信息分析

     RIP-seq—RNA-蛋白质相互作用研究技术

  • 研究细胞内RNA与蛋白结合情况,以RNA免疫共沉淀(RIP)为基础,采用特异抗体对RNA结合蛋白或者特 殊修饰的RNA进行免疫共沉淀后,分离RNA,通过Illumina测序,在全转录组范围内研究被特定蛋白特异结合的RNA区域或种类。
  • 抗体类型丰富:

    具有多种商品化抗体,高效支持实验开展。

应用方向

  • 全转录组范围内揭示RNA分子与RBP(RNA Binding Protein) 相互作用。


信息分析

RIP-seq测序项目,通过对IP下来的合格RNA样本,建库测序,获得高质量reads,进行peak calling,对peak相关基因进行功能富集分析。
分析内容解决问题
测序数据质量评估过滤掉低质量数据,保证数据质量
与参考基因组比对唯一比对的 reads 分布统计
peak峰calling分析蛋白结合位点
样品间相关性分析判断实验分组设计是否合理
motif分析蛋白结合序列的偏好性
peak峰相关基因注释寻找蛋白潜在调控或者结合的基因
差异peak分析分析不同样本间差异peak峰
相关基因功能分析相关基因GO,KEGG富集分析

关联分析

基于文章高频出现的RIP-seq与RNA-seq关联分析内容,搭建了关联分析流程,助力高分文章发表。
RIP-seq与RNA-seq关联分析1. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因维恩图
2. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析GO 富集分析
3. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析KEGG 富集分析


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