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miRNA测序

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个性化生物信息分析

smallRNA测序 ——研究small RNA功能及调控机制

小RNA（Small RNA，sRNA）通过特异性地识别结合 RNA 诱导的沉默复合体(RISC)对目标 mRNA 的表达在转录和翻译水平进行抑制，在调节个体发育、细胞增殖分化、肿瘤的发生发展及抗病毒等整个细胞水平的几乎所有事件中起着重要的调控作用，是细胞中高度复杂的 RNA 调控网络中的重要成员。目前广为研究的small RNA 主要是miRNA、siRNA和 piRNA，其中 miRNA 的研究最为深入。
Small RNA测序采用Illumina测序平台，可针对样本中的sRNA展开分析，既能鉴定已知sRNA、也能预测新的sRNA并预测sRNA的靶基因，为研究small RNA功能及调控机制提供有力手段。

应用方向

small RNA适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究。

植物方向
植物对环境的适应性、突发、个体发育、遗传性状
动物方向
农艺性状、适应性、个体发育、遗传性状、药物干预模式动物调控机制
真菌方向
机理性、应用性、药用食用性研究

分析

1.miRNA与lncRNA关联分析

当lncRNA上带有miRNA结合位点时，miRNA可与lncRNA结合影响lncRNA的功能。同时，根据ceRNA理论，miRNA可以通过RISC与lncRNA结合，指导lncRNA的降解。miRNA的靶向lncRNA预测分析，可通过生信分析软件预测差异表达的miRNA的靶向lncRNA。

2.miRNA与mRNA关联分析

根据miRNA对mRNA的抑制作用原理，筛选显著下调的miRNA和显著上调的mRNA，以及显著上调的miRNA和显著下调的mRNA的组合作为靶基因对。

3.miRNA与CircRNA关联分析

CircRNA通过与miRNA结合的方式抑制miRNA的功能。通过生信软件分析预测circRNA和miRNA的靶向关系