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染色质免疫共沉淀测序
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  • 个性化生物信息分析

                 ChIP-seq—DNA-蛋白质相互作用研究技术

结合染色质免疫共沉淀技术(ChIP)和高通量测序技术,对目的蛋白结合的 DNA 片段进行测序,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白修饰、转录因子等互作的 DNA 区段。

  • 全基因组范围:

    获取全基因组范围特定目的蛋白与DNA的互作信息。
  • 抗体类型丰富:

    具有多种商品化 ChIP级抗体,高效支持实验开展。


         信息分析

ChIP-seq测序项目,对IP下来的合格DNA样本进行建库测序获得高质量的reads,通过motif分析判断IP实验的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,并对其进行功能富集分析,预测特异蛋白的功能 、组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。
分析内容解决问题
测序数据质量评估过滤掉低质量数据,保证数据质量
与参考基因组比对reads分布及比对结果可视化
peak峰calling分析蛋白结合位点
motif分析蛋白结合序列的偏好性
peak峰相关基因注释寻找蛋白潜在调控基因
差异peak分析分析不同样本间差异peak峰
相关基因功能分析相关基因GO, KEGG富集分析

      关联分析

通过ChIP-seq数据与基因表达进行关联分析,可以进一步研究组蛋白修饰/转录因子是如何调控下游基因。基于多组学文章中的应用场景和经验,搭建内容丰富的ChIP-seq与转录组关联分析流程,以助力科研者们发表高分文章。

ChIP-seq与RNA-seq关联分析1. 整体上的关联,展示表达水平和表观水平、不同表达水平的基因上下游的表观信号分布以及表观信号的变化程度与表达水平变化之间的关联
2. 差异表达与表观水平的关联,展示表达水平发生变化的那些基因所对应的表观水平的情况
3. 差异表观水平与表达水平的关联,对于表观水平发生变化的区域(差异峰),展示其对应的基因的表达水平情况
4. 差异表达水平与差异表观水平的关联,差异表达基因与差异峰相关基因之间的交集情况,并对各种交集的基因做GO和KEGG富集分析


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